Puplinge faisait partie de la commune de Ville-la-Grand, tout comme Presinge et Juvigny. Par le traité de Turin, du 16 mars 1816, Presinge et Puplinge furent attribués à Genève, tout comme d'autres villages de la région. Le gouvernement genevois décida que Presinge et Puplinge ne formeraient qu’une seule commune. Cependant, les habitants de ces villages n’avaient aucune envie de cohabiter et les divergences furent nombreuses. Le 9 novembre 1850 le Grand Conseil vota une loi sur la division de la commune de Presinge en deux communes, qui correspondent à l'acte constitutif de la commune de Puplinge.
Les armoiries
En 1924, la nouvelle commune reçut des armoiries de composition, décrites ainsi : « D’azur à deux fasces ondées d’argent, au pal d’or brochant sur le tout ». Sur les deux faces ondées figurent les rivières du Foron et de la Seymaz. Quant au pal d’or, il symbolise la route qui traverse la commune.