En 1585, la Savoie, appuyée politiquement par la papauté et le roi d'Espagne, qui soutiennent cette entreprise de reconquête catholique, exerce un blocus affamant Genève en empêchant son approvisionnement en blé. Le conflit se transforme en une guerre ouverte entre 1589 et 1590, puis en une campagne d'escarmouches locales autour de la ville, sans victoire déterminante pour les protagonistes. Genève cherche des appuis auprès de ses alliés suisses, mais aussi chez le roi de France, afin de garantir sa souveraineté territoriale et confessionnelle.
1. Carte de la Suisse, après 1585, par G. Mercator (gravure aquarellée) (AEG, Archives privées 247/IV/7). [Non reproduit]
La Confédération des XIII cantons rassemble quatre cantons réformés, Zurich, Berne (avec le Pays de Vaud), Bâle et Schaffhouse, sept cantons catholiques, Uri, Schwytz, Unterwald, Zoug, Lucerne, Soleure et Fribourg, et deux cantons bi-confessionnels, Glaris et Appenzell. S'y ajoutent les bailliages communs d'Argovie, du Rheintal et du Tessin - catholiques - et de Thurgovie - protestant - ainsi que des territoires alliés, dont Genève, le Valais et les Ligues grisonnes.
2. Carte de la Confédération des XIII cantons montrant la situation confessionnelle en 1601. En rose les protestants, en bleu, les catholiques (tiré de Nouvelle histoire de la Suisse et des Suisses, t. 2, 1983, p. 35).
Après la conclusion du Traité de Vervins en 1598 entre la France et l'Espagne et du Traité de Lyon en 1601 entre la France et la Savoie, une trêve s'installe dans la région genevoise. Mais le roi de France Henri IV a, par lettres patentes, inclus implicitement Genève dans la paix, au grand dam de la Savoie. Dès lors, celle-ci se prépare militairement à envahir Genève. Des incidents éclatent dans les villages ayant appartenu avant la Réforme au couvent de Saint-Victor et au chapitre de la cathédrale Saint-Pierre, à propos des tailles et de la célébration de la messe. Au printemps de 1602, Albigny, le chef des troupes savoyardes, envoie des espions prendre des mesures au pied des murailles des fortifications genevoises. L'attaque est imminente mais, malgré les avertissements, Genève se laissera surprendre.
3. Lettres patentes d'Henri IV, 13 août 1601, avec le grand sceau du roi (AEG, P.H. 2279). [Non reproduit]
« […] scavoir faisons que nous, bien mémoratifs dudit Traité de Vervins et des déclarations qui furent faictes lors de la conclusion d'iceluy que soubz le nom des alliez desdits Treize Cantons, laditte Ville et territoire de Genève demeurerait comprise, mectant aussi en considération que par ledit accord de Lyon, […] disons et déclarons, par ces présentes, qu'en faisant ledit accord dudit mois de janvier dernier avec nostre dit frère le duc de Savoye, nous avons entendu […] ladite Ville et territoire de Genève estre comprinse en iceluy, comme elle estoit audit Traitté de Vervins […]»