Jusqu'à la fin du XVIIIe siècle, la variole ou petite vérole est une maladie mortelle qui touche principalement les enfants, surtout ceux en bas âge; presque tous l'ont contractée avant d'atteindre l'adolescence. A Genève, les premières inoculations de la petite vérole ont lieu à l'Hôpital général, en 1751, et nécessitent une quinzaine de jours sous surveillance médicale ; cette pratique nouvelle touche essentiellement les enfants de l'aristocratie et les pupilles de l'Hôpital, les classes moyennes et laborieuses restant très méfiantes, malgré le grand nombre des décès imputés à cette maladie. Il faut attendre la découverte de la vaccine par l'Anglais Edouard Jenner, en 1796, pour que les épidémies de variole cessent d'être aussi dévastatrices. La dernière grave épidémie a lieu à Genève en 1800 et coïncide avec les débuts de la vaccine.
Extrait du registre des arrêtés du Préfet du Département du Léman concernant la création de la Société de vaccine, 19 janvier 1813
En 1800, la vaccine fait son apparition à Genève ; grâce aux efforts des autorités pour convaincre le plus grand nombre de la nécessité de se faire vacciner, il s'ensuit dès 1801 une très nette amélioration de la situation perceptible jusqu'en 1812 (1er portefeuille).
Publication officielle du 5 septembre 1825 concernant les campagnes de vaccination publiques
De manière générale, les campagnes de vaccination publiques sont mieux acceptées par la population genevoise - familiarisée avec l'idée de l'inoculation depuis près d'un demi-siècle - que par celle d'autres pays ou des régions avoisinantes. Malgré cette évolution des mentalités, les pouvoirs publics sont régulièrement obligés de sensibiliser la population et de lui faire admettre la nécessité de vacciner tous les enfants contre la variole, même les plus jeunes (AEG, Bibliothèque, Girod 52/15, Pièces diverses de 1825).
Registres des vaccinations publiques et gratuites contre la variole du Service d'hygiène cantonal, pour l'année 1885 et l'année 1935
Ces registres plus récents montrent que l'idée de vaccination publique a fait bien du chemin depuis le début du XIXe siècle. Non seulement la pratique s'est institutionnalisée, mais encore les patients sont beaucoup plus nombreux et plus jeunes qu'auparavant (AEG, Hygiène Ba 1 et Ba 48).