- Cote Instruction publique A: quelques fragments et dossiers relatifs au Collège de Genève et à l’Académie, 1558-1842.
- Cote Instruction publique AA: Société d’instruction de la jeunesse, dite Société des catéchumènes, 1736-1850.
- Cote Instruction publique AB: écoles lancastériennes, 1818-1899.
- Cote Instruction publique B: archives du Département de l’instruction publique, dès 1834, soit procès-verbaux des séances du Conseil d'instruction publique, 1834-1847.
- Cote Instruction publique Ba-Bb: procès-verbaux des séances du département, 1843-1864.
- Cote Instruction publique Bc: procès-verbaux de la Commission scolaire, 1886-1918.
- Cote Instruction publique Bd: convocation du Département, 1875-1904.
- Cote Instruction publique Be: inscription des candidats à l’enseignement, 1849-1915.
- Cote Instruction publique Bf: documents sur le corps enseignant, 1914-1920.
- Cote Instruction publique C: copies de lettres, 1834-1912; plusieurs séries par matières, dont statistiques.
- Cote Instruction publique D: arrêtés et règlements, 1821-1867.
- Cote Instruction publique E: procès-verbaux pour le nouveau territoire, 1817-1834.
- Cote Instruction publique F: registres divers pour le nouveau territoire, 1826-1834.
- Cote Instruction publique G: écoles primaires, 1834-1971.
- Cote Instruction publique H: écoles primaires protestantes, 1834-1852.
- Cote Instruction publique I: Ecole des filles protestantes de Carouge, 1831.
- Cote Instruction publique J: écoles primaires catholiques, 1834-1853.
- Cote Instruction publique K: Commission des collèges, 1834-1847.
- Cote Instruction publique L: Collège de Genève et Gymnase classique, 1834-1862.
- Cote Instruction publique M: Collège de Carouge, 1831-1862.
- Cote Instruction publique N: classes facultatives françaises, 1836-1884.
- Cote Instruction publique O: Ecole industrielle et commerciale, 1847-1887.
- Cote Instruction publique P: écoles secondaires, 1841-1921.
- Cote Instruction publique Q: pièces annexes ; correspondance reçue, 1795-1914.
- Cote Instruction publique R: comptabilité, 1828-1911.
- Cote Instruction publique S: traitements, 1835-1968.
- Cote Instruction publique T: pièces comptables, 1826-1868.
-
Cote Instruction publique U: registres et documents concernant des écoles diverses, publiques ou privées, 1793-1933.
Voir aussi sous Archives de famille et Archives privées les fonds suivants: familles Rilliet, Naville, Vernet et Institut Thudicum, 1852-1919. - Cote Instruction publique V: expositions nationales, 1883-1896.
- Cote Instruction publique W: matériel, pièces diverses, 1864-1920.
La suite des archives du secrétariat général du Département de l’instruction publique est composée des versements suivants:
- 1984 va 7: arrêtés du Conseil d’Etat relatifs au Département de l’instruction publique, 1876-1968.
- 1985 va 5: dossiers annuels thématiques («Généralités Conseil d’Etat», «Organisation générale», «Enseignement primaire», «Enseignement secondaire», «Université»); correspondance générale, 1882-1912 et 1959; circulaires, 1898-1939; arrêtés du Conseil d’Etat, 1969-1972.
- 1988 va 22: versement complémentaire du précédent, fin du XIXe siècle-1959.
- 1998 va 31 et 1999 va 22: dossiers annuels thématiques (ordre alphabétique des matières), 1960-1963.
- 2001 va 16: division financière des services administratifs du DIP, arrêtés du Conseil d’Etat concernant le Département, 1973-1999.
Archives des directions générales:
- 1984 va 12: Direction de l’enseignement primaire, Service de l’équipement, 1943-1974, et Service du personnel, 1964-1969.
- 1985 va 12 et 1990 va 17: Direction de l’enseignement primaire: dossiers thématiques, par ordre alphabétique des matières, 1959-1981.
- 1985 va 1, 1986 va 5 et 1986 va 8: Direction de l’Office de la jeunesse: dossiers thématiques, 1944-1984. Le troisième versement est composé de dossiers relatifs à l’Union internationale de protection de l’enfance (UIPE).
- 1988 va 23 et 1990 va 16: division finances des Services administratifs et financiers, 1870-1985: comptabilité, traitements et subventions du et au Département.
Archives provenant des écoles et des services pédagogiques:
- 1988 va 18: Ecole professionnelle et ménagère, 1897-1972.
- 1992 va 32 et 1995 va 35: Ecole des beaux-arts, fin du XVIIIe siècle-1970.
- 1988 va 4: registres de l’Ecole des Cropettes, 1902-1954, et pièces diverses, 1870-1942.
- 1987 va 11: échantillons d’énoncés d’épreuves du Service de la recherche pédagogique, 1887-1894 et 1932-1967.
Voir aussi, sous la rubrique «Economie publique», le versement 2002 va 21: dossiers relatifs à la formation professionnelle.