La Révolution française de 1789 marque la fin de l'Ancien Régime et le remplacement de la monarchie absolue française par une monarchie constitutionnelle, puis par la Première République. Alors que le gouvernement «aristocratique» genevois considère avec craintes et mépris ces nouvelles institutions, la bourgeoisie, elle, y voit des idées semblables aux siennes.
En 1792, la France déclare la guerre à l'Autriche. Face à ce conflit qui risque de se généraliser, une diète est convoquée la même année à Frauenfeld, à l'issue de laquelle la neutralité suisse est proclamée. Genève parvient à s'y faire inclure, malgré l'habituelle réticence de certains cantons catholiques. Dès lors, attaquer Genève, c'est attaquer la Suisse. Lorsque, quatre mois plus tard, les armées françaises qui ont envahi la Savoie sont aux portes de Genève, des contingents de soldats bernois et zurichois sont envoyés sur place pour renforcer la garnison de la ville. Un accord est finalement trouvé avec la France moyennant le retrait des troupes suisses. Un mois après leur départ, la révolution genevoise éclate et met fin à l'ancien régime. L'édit du 12 décembre 1792 établit l'égalité politique des Genevois de toutes les classes.
Victime de l'expansionnisme militaire révolutionnaire, l'ancienne Confédération suisse est remplacée en 1798 par une République helvétique, sous contrôle français. Quant à Genève, occupée puis purement et simplement annexée à la France, elle devient le chef-lieu d'un nouveau département: le département du Léman, dont la population est composée de 10% de Genevois, 17% de Gessiens et 73% de Savoyards. Dans le traité d'annexion de Genève à la France du 26 avril 1798, l'ancienne république bénéficie néanmoins de conditions particulières, qui lui permettront de continuer à gérer certaines de ses institutions comme le Collège, l'Académie ou l'Hôpital général. Cette période sera néanmoins néfaste pour Genève: son économie décline, beaucoup de pauvres doivent recourir à l'assistance publique, sa démographie diminue. Dès 1802, la population est soumise à la conscription. De nombreux jeunes soldats genevois périront ou seront faits prisonniers lors des campagnes napoléoniennes.
Carte du département du Léman (R.-H. Bautier, Atlas historique français – Savoie, Paris, 1979)
Affiche placardée dans la ville pour informer la population genevoise des nouveaux règlements en vigueur (AEG, ADL I 27/22)
Liste de soldats du département du Léman engagés dans les armées napoléoniennes et faits prisonniers en Russie (AEG, Affaires étrangères, France 26)