Parallèlement à l'édification des bâtiments, les statuts du nouvel établissement sont en cours d'élaboration. Ils sont promulgués le 5 juin 1559 à Saint-Pierre, à l'occasion d'une cérémonie solennelle, durant laquelle le recteur prête également serment.
Ce jour-là, les syndics et membres des Conseils, entourés de la Compagnie des pasteurs, des régents, des professeurs et des écoliers, se rassemblent à la cathédrale. Après un discours prononcé par Calvin, le secrétaire du Conseil lit le règlement de l'établissement, l'Ordre du Collège de Genève, ainsi que la confession de foi à faire jurer par les écoliers et le serment à faire prêter par les régents et les professeurs. Il proclame ensuite les noms des enseignants et du recteur, Théodore de Bèze, lequel est invité à prendre la parole.
Discours de Théodore de Bèze lors de l'inauguration du Collège. 5 juin 1559
(AEG, Bibliothèque, 86/El/24)
Dans son exposé, Théodore de Bèze insiste avant tout sur l’utilité des études: «(…) les écoles n'ont pas pris naissance par hasard, sorties de rien et seulement depuis quelques siècles (…). Grâce à elles, par une très heureuse métamorphose, des souches, des êtres sauvages, de vraies bêtes des champs se sont transformés en hommes doués de raison et d’intelligence».
A l'issue du discours de Théodore de Bèze, Calvin reprend la parole pour rendre grâce et remercier les autorités, avant de congédier l'assemblée.
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Fondation du Collège. Registre du Conseil. 5 juin 1559 (AEG, R.C. 55, fol. 53v°) [non reproduit]
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Portrait de Théodore de Bèze (1519-1605). Huile sur bois. 1577 (Musée historique de la Réforme, Genève) [non reproduit]