Le 19e siècle est marqué par l'essor du chemin de fer; les questions relatives à la construction d'une gare et au choix de son implantation mobilisent les milieux politiques et militaires, mais aussi bancaires et commerciaux. En 1845, le Conseil d'Etat et le Conseil administratif nomment chacun une commission spécialement chargée d'examiner ces questions; l'ingénieur cantonal Dufour - qui n'a encore jamais vu de chemin de fer - va étudier sur place ceux d'Alsace et du Grand Duché de Bade. Pendant ce temps, divers investisseurs montent des projets favorisant tantôt le raccordement avec la France, par les lignes Lyon-Genève ou Mâcon-Genève, tantôt avec la Suisse, par la ligne Lac de Constance-Lac de Genève.
L'emplacement de Rive a la préférence du Conseil administratif et d'associations de «commerçants, industriels et propriétaires de la commune de Genève». En effet, il répond à plusieurs exigences: il offre un large espace horizontal - ce qui est difficile à trouver à Genève - qui permet l'installation de la gare et des nombreux bâtiments annexes; il est protégé par les fortifications; il est à proximité immédiate du port - le trafic des bateaux et remorqueurs à vapeur est très important - et enfin il est situé dans un quartier de grande activité commerciale.
Le Conseil d'Etat estime que choisir cet emplacement «c'est servir les intérêts existants aujourd'hui, mais c'est préparer leur ruine prochaine […] c'est faire arriver le chemin de fer dans une impasse, c'est renoncer à le prolonger sur la Suisse à moins de difficultés et de dépenses considérables» (AEG, R.C. cop. 376, p. 638). Le risque majeur est que Genève soit écartée de la grande communication France-Suisse et ne se trouve plus reliée que par des embranchements secondaires.
Le choix définitif de l'implantation de la gare à Cornavin date de 1854.
Cette vue perspective de Jean Dubois, incroyablement élargie, illustre un projet de gare à Rive, présenté par l'entreprenant architecte Jean-Marc-Louis Junod (1803-1873).
1. Perspective représentant le quartier à construire dans le prolongement du quai et le débarcadère de Rive suivant le projet de M. Junod. Vue et légende par J. DuBois et Schmid lith., Genève, 1845-1846 (Collection Dumur, )
2. Débarcadère pour Rive, 3e étude Junod, 1845 (AEG, Travaux BB 13.3) [Non reproduit]