De l’instauration de la Réforme jusqu’au milieu du XIXe siècle, le protestantisme s’impose comme l’un des fondements de l’identité genevoise. Autant dire qu’en 1815 le rattachement des Communes réunies, dont les populations sont majoritairement catholiques, ne va pas sans mal. Les traités de Vienne (1815) et de Turin (1816) donnent des garanties à des communautés protestantes et catholiques séparées par une extrême méfiance, les uns craignant d’être envahis, les autres d’être convertis. La situation impose une mixité religieuse source de tensions.
Le gouvernement conservateur issu de la Restauration est contraint à des concessions sous la pression de la réalité. Celles-ci sont cependant trop faibles et trop lentes pour être en phase avec l’esprit du temps. Les révolutions radicales de 1842 et 1846 sont une brutale remise à niveau. La Constitution genevoise de 1847 qui en découle comprend notamment à l’article 10 la déclaration suivante: «La liberté des cultes est garantie. Chacun d’eux a droit à une égale protection de la part de l’État.»
Affirmation de cet idéal de tolérance religieuse, le Conseil d’État offre aux communautés religieuses des terrains récupérés sur l’espace jusqu’alors occupé par les fortifications. C’est ainsi que l’on assiste à la construction d’une seconde église catholique, la basilique Notre-Dame (1852-1857), de la chapelle anglicane (1853), de la synagogue (1859), du Temple unique franc-maçon (1858-1859) - qui deviendra l’église du Sacré-Coeur en 1873 - et de l’église orthodoxe russe (1863-1866).
Cette période très souple en matière confessionnelle se referme cependant. Le Kulturkampf qui démarre à Genève dès 1870 va rendre pour longtemps impossible une politique telle que celle menée par les radicaux pendant les deux décennies 1848-1868.
Constitution de la République et canton de Genève figurant dans les registres de l’Assemblée constituante de 1847 (CH AEG R.A.C. 3)