Décisions | Chambre administrative de la Cour de justice Cour de droit public

dans la cause

COMMUNE DE THÔNEX
représentée par Me Nicolas Wisard, avocat

contre

DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE

et

SWISS-ETICS SA

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Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 24 mai 2018 (JTAPI/480/2018)

Le jugement querellé expose correctement la jurisprudence relative à l'application de cette disposition, récemment confirmée par la chambre de céans (ATA/1038/2019 du 18 juin 2019 consid. 3 ss), de sorte qu'il peut y être renvoyé.

3) La commune s'oppose au projet de construction litigieux pour plusieurs raisons. Elle reproche à la juridiction précédente de ne pas avoir répondu aux arguments spécifiquement développés concernant la portée de son PDCom à l'égard du département lorsqu'il applique l'art. 59 al. 4 LCI.

Selon elle, le TAPI ne pouvait en outre pas écarter l'application du guide résultant d'une négociation entre le canton et les communes et posant des critères de différenciation en matière de densification des zones villas jusqu'à l'approbation des plans directeurs communaux. Ce guide avait force obligatoire pour le département qui n'avait pas examiné son respect par le projet litigieux s'agissant des critères de l'indice de verdure et des prescriptions en matière de stationnement qui exigeraient la construction d'un parking souterrain dès treize places. Les conditions « matérielles » propres à l'application de l'art. 59 al. 4
let. a LCI n'étaient en l'espèce pas remplies. En considérant le contraire sur la base de préavis non motivé, le département avait excédé son pouvoir d'appréciation et de ce fait violé l'art. 59 al. 4 LCI.

Le projet litigieux ne respectait pas son projet territorial développé dans la fiche de coordination n° 6 de mars 2015 complétant son PDCom (ci-après : la fiche n° 6) qui n'avait pas été approuvée par le Conseil d'État, puis dans le cadre de la révision en cours de son PDCom qui reprenait cette fiche. Selon cette dernière, les parcelles sises le long du Foron devaient rester bâties sous forme de constructions traditionnelles de la zone résidentielle quant à leur typologie et ne pas dépasser un IUS de 0,3 en raison de leur proximité avec les rives du cours d'eau devant être protégées. Le projet de PDCom en cours intégrait cette option territoriale validée dans la fiche n° 6 en ce sens que les parcelles à proximité directe du Foron et de la Seymaz avaient été qualifiées de secteurs à densité faible avec un IUS de 0,3 maximum, afin de favoriser les fonctions biologiques et les cheminements piétons. Ainsi, seul le 5 % des parcelles sises en zone 5 avait été qualifié de secteurs de densité faible pour des raisons de protection de la nature et/ou du paysage. Elle ne refusait ainsi pas la densification accrue et imposée par le législateur en zone 5 conformément à l'art. 59 al. 4 LCI. La parcelle 3'921 était entièrement située dans le secteur à densité faible et la parcelle 3'915 se trouvait, à raison de ¾, dans le cordon boisé prévoyant un IUS inférieur à 0,4 (à faible densité) et pour le ¼ restant dans un secteur à densité modérée. Comme ces parcelles étaient pour leur plus grande surface dans un secteur à densité faible, le PDCom en cours ne permettait pas l'implantation du projet litigieux. Il avait force obligatoire pour les communes et le Conseil d'État en vertu de l'art. 10 al. 8 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30), et a fortiori pour le département lorsqu'il appliquait l'art. 59 al. 4 LCI. Cela découlait aussi du guide et de la force obligatoire du PDC 2030. Dès lors, le département n'était pas totalement libre dans l'exercice du pouvoir discrétionnaire que lui réservait l'art. 59 al. 4 LCI ; ce pouvoir ne pouvait être exercé que dans le cadre des prescriptions de la planification directrice et singulièrement des options du PDCom.

De plus, selon la recourante, en autorisant le projet litigieux sans tenir compte de ses options territoriales susévoquées contenues dans la fiche n° 6 et dans son PDCom en cours, le département abusait de son pouvoir d'appréciation et violait le PDC 2030. Celui-ci prévoyait une densification différenciée de la zone 5 et donnait un mandat de planification spécifique aux communes pour affiner les critères de cette différenciation. Le département ne pouvait pas exercer ses compétences décisionnelles en matière d'autorisation de construire de manière à contrecarrer ou rendre sans objet le champ prescriptif conféré aux communes, y compris pendant la période d'élaboration des plans communaux, car cela reportait de manière inadmissible la date de prise d'effet du mécanisme convenu avec les communes. Cela créait une lacune profitant aux promoteurs qui s'empressaient de densifier et la plaçait devant le fait accompli. Le département se comportait de manière contradictoire à l'égard de la commune vu les engagements pris par le conseiller d'État en charge du département à l'égard de l'ensemble des communes, consignés dans la fiche A04 du PDC 2030. Ainsi, pour respecter ces engagements et la force obligatoire du PDC 2030, le département devait s'abstenir de délivrer des autorisations dérogatoires permettant une densification significative dans la zone 5, à tout le moins dans les périmètres déjà identifiés comme sensibles. Il pouvait instaurer une telle pratique au moyen du pouvoir discrétionnaire que lui donnait l'art. 59 LCI pour l'octroi des autorisations dérogatoires dépassant l'IUS ordinaire. Ce pouvoir devait être exercé de manière convergente et compatible avec les options prises dans le PDCom relatives à la densification différenciée de la zone 5.

4) Dans deux arrêts récents (ATA/1038/2019 du 18 juin 2019 ; ATA/1098/2019 du 25 juin 2019), la chambre administrative a rejeté les recours de deux communes contre l'octroi d'autorisations fondées sur l'art. 59 al. 4
let. a LCI portant sur des projets de construction à HPE prévoyant respectivement un IUS de 43,7 % et 43,9 %. Les projets se trouvaient dans des périmètres pour lesquels le PDC 2030 envisageait une utilisation diversifiée de la zone 5 visée par la fiche A04. Dans les deux cas, les communes avaient préavisé négativement les projets, alors que ceux des instances spécialisées, notamment de la CA, étaient favorables. Les deux recours ont soulevé la question de la conformité de telles autorisations au PDC 2030 dont la fiche A04 donnait mandat aux communes d'élaborer une stratégie pour la zone 5, en identifiant les secteurs à densifier ou à protéger, dans le cadre de la révision de leur PDCom.

Dans l'ATA/1038/2019 du 18 juin 2019 actuellement pendant devant le Tribunal fédéral, le plan directeur communal, adopté en juin 2014, avait été approuvé en septembre 2014 par le Conseil d'État qui n'avait toutefois pas validé la proposition de la commune de ne pas envisager, sauf dérogation, la densification de la zone 5 avec un IUS supérieur à 0,25. Dans cette affaire, la chambre de céans a considéré que la commune n'avait pas encore mis en oeuvre ledit mandat par l'adoption d'un nouveau plan directeur communal, lequel était toujours au stade de l'étude ; le projet de révision de ce dernier ne représentait ainsi pas un obstacle juridique à l'octroi de l'autorisation litigieuse. La parcelle concernée ne faisait en outre pas l'objet d'une mesure provisionnelle au sens des art. 13b ss LaLAT, de sorte que les règles de la zone 5 lui étaient applicables sans restriction. Le département ne pouvait, dans ces conditions, anticiper ou refuser une autorisation de construire conforme à la zone (consid. 7).

Dans l'ATA/1098/2019 du 25 juin 2019, la commune a reproché au département de ne pas lui laisser le temps d'élaborer un PDCom qui puisse être pris en considération. La chambre de céans a jugé que l'incidence de la procédure de révision du PDCom, qui était au stade de l'étude, ne pouvait être de bloquer l'ensemble des projets de constructions de la commune et de constituer une mesure provisionnelle non prévue par la loi. Sur la base de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_257/2013 du 13 janvier 2014 (consid. 5.3), elle a précisé qu'un projet de construction conforme au droit cantonal ne pouvait être refusé au seul motif qu'il contreviendrait à un plan directeur communal (consid. 4). L'affaire jugée par le Tribunal fédéral concernait le recours d'un voisin contre l'octroi d'une autorisation de construire trois habitats groupés d'une densité de 27,5 % fondée sur l'art. 59 al. 4 let. a LCI dans son ancienne teneur.

5) Sur ce dernier point, il y a lieu de préciser que la jurisprudence fédérale précitée renvoie à l'arrêt du Tribunal fédéral 1A.154/2002 du 22 janvier 2003 (partiellement traduit dans la RDAF 2005 I 585). Par « conforme au droit cantonal », il faut entendre conforme au plan d'affectation (« nutzungskonformes Bauvorhaben »). En effet, selon le Tribunal fédéral, le refus d'une autorisation au seul motif que le projet de construction contreviendrait au plan directeur communal, reviendrait à donner à ce plan directeur un effet anticipé inadmissible (« unzulässigen Vorwirkung ») et à aboutir à une modification du plan d'affectation en vigueur (arrêt 1A.154/2002 précité consid. 4.1).

Toutefois, le Tribunal fédéral précise qu'il ne faut pas tirer de cette argumentation la conclusion que le plan directeur ne serait d'aucune importance dans le cadre d'une autorisation de construire. L'effet obligatoire d'un tel plan se déploie là où l'ordre juridique confère un pouvoir d'appréciation ou introduit des concepts juridiques indéterminés ménageant de la sorte une marge de manoeuvre. Si le droit applicable exige une pesée globale des intérêts, alors le contenu du plan directeur doit être considéré, dans la pesée des intérêts, comme le résultat obligatoire du processus de coordination spatiale (« räumlichen Abstimmungsprozesses »), étant précisé que le plan directeur n'exprime les besoins spatiaux que du point de vue de la collectivité publique. Reste réservée la pesée des intérêts qui doit être faite dans un cas particulier en prenant aussi en compte les intérêts publics qui ne relèvent pas de l'aménagement du territoire ainsi que les intérêts privés. Le plan directeur s'impose aux seules autorités chargées des tâches dont l'accomplissement a des effets sur l'organisation du territoire, et non aux autorités judiciaires qui ont pour fonction d'examiner la légalité des actes étatiques. Dans le cadre d'un recours interjeté par une personne privée, il y a lieu de vérifier si le refus de l'autorisation sollicitée dans cette affaire repose sur une pesée globale de tous les intérêts publics et privés déterminants, qui ne soit pas entachée d'un vice lié à l'exercice du pouvoir d'appréciation (arrêt du Tribunal fédéral 1A.154/2002 précité consid. 4.2).

6) Selon la jurisprudence de la chambre administrative (ATA/699/2015 du 30 juin 2015 consid. 8 ; ATA/828/2015 du 11 août 2015 consid. 7), il résulte de la double consultation prévue à l'art. 59 al. 4 let. a LCI (c'est-à-dire celle de la CA et de la commune) que le législateur cantonal n'a pas attribué de pouvoir de décision aux communes concernant l'octroi d'autorisation de construire fondée sur cette disposition. Conformément à l'art. 3 al. 3 LCI, la délivrance de telles autorisations de construire demeure de la compétence exclusive du département à qui il appartient de statuer en tenant compte de tous les intérêts en présence. Comme cela ressort des travaux préparatoires relatifs à cette disposition, le législateur a été confronté à la question de soumettre également la densification prévue par la let. a de l'art. 59 al. 4 LCI à l'accord de la commune exprimé sous forme de délibération municipale, comme cela est prévu pour le cas de figure de la let. b de cette norme. Il y a répondu négativement considérant que dans l'hypothèse de l'art. 59 al. 4 let. a LCI, la nécessité d'obtenir un tel accord de la commune compromettrait l'objectif de densification poursuivi par cette disposition (ATA/699/2015 précité consid. 8b ; ATA/828/2015 précité consid. 7b).

7) Cette jurisprudence a été confirmée par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_476/2015 du 3 août 2016 consid. 4.3, confirmant ATA/828/2015 précité). Celui-ci a également écarté le grief tiré de la violation de l'autonomie communale au motif que le département genevois compétent pour délivrer les autorisations de construire (art. 2 LCI) n'était pas lié par le préavis consultatif des communes (art. 3 al. 3 et 59 al. 4 let. a LCI). Ces dernières ne pouvaient se prévaloir d'aucune autonomie en la matière. L'accord du conseil municipal de la commune ne devait être requis que pour les projets de construction de plus grande envergure, soit ceux remplissant les conditions de l'art. 59 al. 4 let. b LCI (arrêt du Tribunal fédéral 1C_476/2015 précité consid. 4.3.1).

Le Tribunal fédéral n'a pas non plus retenu, faute d'élément au dossier, le grief tiré de l'application arbitraire de l'art. 59 al. 4 let. a LCI en tant que le département écarterait systématiquement le préavis communal négatif et jugerait la compatibilité du projet avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, sur la base d'une simple analyse des plans, sans inspection locale (arrêt 1C_476/2015 précité consid. 4.3.2 et 4.3.3). Quant à l'argument selon lequel le projet de construction contreviendrait au PDCom au motif qu'il se situerait en partie dans la zone de sauvegarde fixée par ce plan ce qui conduirait à une application arbitraire des art. 10 al. 1 et al. 8 LaLAT, le Tribunal fédéral a considéré que le classement d'une partie de la parcelle en zone de sauvegarde n'équivalait pas à une interdiction de bâtir et a admis, suivant la chambre de céans, le fait qu'un léger empiètement de la construction sur la zone de sauvegarde ne s'opposait pas à la réalisation du projet. Les recourants ne cherchaient pas à démontrer que le projet en cause - dont ils ne critiquaient pas les qualités architecturales - mettrait en péril le site visé par la zone de sauvegarde ; ils n'expliquaient pas du tout pourquoi la topographie des lieux empêcherait un développement sous forme d'habitat groupé. Le Tribunal fédéral a également relevé que les instances chargées de veiller à la protection de la nature et du paysage ne s'étaient pas opposées au projet. La décision d'autoriser la construction d'un projet présentant un des IUS dérogatoires prévus à l'art. 59 al. 4 let. a LCI n'était pas arbitraire à tout le moins dans son résultat (arrêt du Tribunal fédéral 1C_476/2015 précité consid. 4.3.2).

8) Quant aux effets du PDCom, ils sont régis par l'art. 10 al. 8 LaLAT. Selon cette disposition, le plan directeur localisé adopté par une commune et approuvé par le Conseil d'État a force obligatoire pour ces autorités. Il ne produit aucun effet juridique à l'égard des particuliers, lesquels ne peuvent former aucun recours à son encontre, ni à titre principal, ni à titre préjudiciel. Pour autant que cela soit compatible avec les exigences de l'aménagement cantonal, les autorités cantonales, lors de l'adoption des plans d'affectation du sol relevant de leur compétence, veillent à ne pas s'écarter sans motifs des orientations retenues par le plan directeur localisé. L'art. 10 al. 7 LaLAT dispose que le département vérifie que le plan est conforme notamment au plan directeur cantonal (phr. 1). En vertu de l'art. 10 al. 1 LaLAT, le plan directeur localisé fixe les orientations futures de l'aménagement de tout ou partie du territoire d'une ou plusieurs communes. Il est compatible avec les exigences de l'aménagement du territoire du canton contenues notamment dans le plan directeur cantonal. Le plan directeur communal est un plan directeur localisé dont le périmètre recouvre la totalité du territoire d'une ou plusieurs communes (art. 10 al. 2 phr. 1 LaLAT).

Selon les travaux préparatoires et la jurisprudence constante de la chambre administrative, les plans directeurs localisés ont le caractère d'un outil de travail consensuel liant les autorités entre elles. Ils doivent permettre d'accélérer les procédures subséquentes. Ces instruments lient les autorités entre elles, à l'exclusion des particuliers, à l'égard desquels ils ne produisent pas d'effets juridiques (ATA/455/2016 du 31 mai 2016 consid. 5a et les arrêts cités ; Mémorial du Grand Conseil [ci-après : MGC] 2001 41/VIII p. 7360 ss, notamment p. 7366). L'appellation plan directeur localisé et les effets juridiques qui lui sont rattachés suppose que les deux conditions cumulatives d'adoption par une commune et d'approbation par le Conseil d'État soient préalablement remplies (MGC 2001-2002/X A 4600-4601 ; ATA/632/2011 du 11 octobre 2011 consid. 14c).

Ces plans permettent aux communes, dans le cadre fixé par le plan directeur cantonal, d'engager une réflexion sur l'affectation de leur territoire ainsi que sur les décisions à prendre relevant de leur domaine de compétence, telles que l'acquisition de terrains, l'aménagement de la voirie communale et des cheminements piétonniers, et la réalisation d'équipements de proximité (MGC 2001-2002 X p. 4585 ss). La procédure d'élaboration et d'adoption des plans d'affectation du sol gagnera en efficience et en rapidité si un certain nombre de problèmes potentiels sont mis en évidence et aplanis « à froid », à l'issue d'une concertation pratiquée en amont de tout dossier concret, entre les autorités cantonales et municipales, avec une première consultation publique qui permettra de contenir et de gérer l'ensemble des oppositions (MGC 2001-2002, X, p. 4585ss, 4586-4587).

9) En l'espèce, par son grief de violation du PDC 2030, en particulier de sa fiche A04, et des conditions « matérielles » de l'art. 59 al. 4 let. a LCI, la commune se plaint en réalité de la décision du département de ne pas s'appuyer sur ses options territoriales relevant de sa planification directrice (à savoir la fiche n° 6 complétant son PDCom actuel et le PDCom en cours de révision), pour refuser l'autorisation litigieuse fondée sur la disposition précitée. Elle souligne que ce faisant elle se retrouve mise devant le « fait accompli » résultant de l'impact durable du projet autorisé sur son territoire. Elle reproche au département un excès et un abus de son pouvoir d'appréciation, notamment par l'absence d'une pratique compatible avec son projet territorial, et ce malgré les engagements du canton envers les communes s'agissant de la densification différenciée de la zone 5 formalisés dans la fiche A04 du PDC 2030.

La commune ne conteste toutefois ni le fait que les documents liés à sa planification directrice en cours n'ont pas été approuvés par le Conseil d'État, ni que sa compétence en lien avec les autorisations de construire fondées sur l'art. 59 al. 4 let. a LCI se limite à émettre un préavis consultatif. Son argumentation tend plutôt à donner à sa planification directrice un effet obligatoire absolu et de rang supérieur à l'égard du département dans le cadre de la compétence exclusive - non contestée - de ce dernier d'autoriser les projets fondés sur la disposition précitée. Or, ce faisant, la recourante perd de vue deux éléments.

D'une part, comme l'a relevé le Tribunal fédéral dans l'arrêt 1A.154/2002 précité, les choix découlant des plans directeurs représentent le point de vue de la collectivité concernée en matière de besoins spatiaux et constituent un intérêt public parmi les éventuels autres intérêts, publics et privés, à prendre en compte lors de la décision sur la demande d'autorisation de construire. C'est en ce sens que l'effet obligatoire desdits plans entre en jeu lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation ou des notions juridiques indéterminées ménageant une marge de manoeuvre. Cette approche est entièrement conforme à la logique du système suisse du « Stufenbau » (terme généralement traduit par « construction pyramidale ») en matière d'aménagement du territoire. Selon la jurisprudence fédérale, cette construction pyramidale implique que, pour garantir une gestion cohérente de l'espace dans sa globalité, chacun des éléments dudit système (en particulier le plan directeur, le plan d'affectation et l'autorisation de construire) remplit une fonction spécifique, celle de l'autorisation de construire étant de contrôler la conformité des projets aux normes de la zone concernée conformément à l'art. 22 al. 2 let. a LAT (arrêt du Tribunal fédéral 1A.154/2002 précité consid. 4.1 ; ATA/1460/2017 du 31 octobre 2017 consid. 3b et les arrêts cités).

D'autre part, sous l'angle de la conformité à l'affectation de la zone, le périmètre litigieux est situé en 5^ème zone à bâtir. Selon l'art. 19 al. 3 LaLAT, cette zone est une zone résidentielle destinée aux villas, des exploitations agricoles pouvant également y trouver place (phr. 1). Il s'agit d'une zone générale d'affectation au sens du droit genevois (art. 12 al. 2 let. a, art. 12 al. 3 et art. 19 al. 3 LaLAT). Toutefois, l'évolution législative de l'art. 59 LCI, en particulier de l'art. 59 al. 4 LCI, permet, à certaines conditions, d'ériger dans cette zone « un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé » (art. 59 al. 4 let. a et let. b in fine LCI). Cela conduit la doctrine à conclure que des « petits immeubles » au sens du langage courant peuvent être autorisés sur la base de l'art. 59 al. 4 LCI (Valérie DÉFAGO GAUDIN/Stéphane GRODECKI, La jurisprudence genevoise en matière d'aménagement du territoire et de droit public des constructions rendue en 2017, in RDAF 2018 I 1, 14, n. 3.10 ; Stéphane GRODECKI/Valérie DÉFAGO GAUDIN, La jurisprudence genevoise en matière d'aménagement du territoire et de droit public des constructions rendue en 2018, in RDAF 2019 I 1, 22, n. 4.8). Le projet litigieux prévoyant la construction d'un habitat groupé est donc, vu les dispositions précitées, conforme à l'affectation de la zone concernée.

Ainsi, lorsque le canton invite les communes, notamment par le biais de la fiche A04 du schéma directeur du PDC 2030, à élaborer une stratégie en matière de densification différenciée de la zone 5, il les encourage à utiliser leur compétence - certes encadrée par le canton - d'élaborer un plan directeur fondé sur l'art. 10 LaLAT. Cela permet à chaque commune de s'accorder sur le développement de son territoire, notamment en lien avec l'évolution de la zone 5, et de le rendre visible aux yeux des autres autorités et des privés, notamment des propriétaires et promoteurs désireux de construire sur son territoire. Il y a toutefois lieu de rappeler que le projet territorial communal doit respecter « les exigences de l'aménagement du territoire du canton contenues notamment dans le plan directeur cantonal » (art. 10 al. 1 phr. 2 LaLAT), ce que le département vérifie lors de la procédure d'adoption du PDCom (art. 10 al. 7 LaLAT). Certes, l'art. 59 al. 4 let. a LCI exige entre autres la consultation de la commune, mais le département ne peut omettre d'éventuels autres intérêts publics, comme la nécessité de répondre aux besoins en logements, ni l'intérêt privé du propriétaire souhaitant construire conformément à l'affectation de la zone et aux règles de densité prévues à l'art. 59 al. 4 let. a LCI eu égard à la garantie de la propriété. L'octroi d'une autorisation fondée sur cette norme confronte le département à devoir mettre en balance différents intérêts lorsqu'il fait usage de sa liberté d'appréciation.

Ainsi, le rôle de la juridiction administrative se limite à examiner si ledit usage est excessif ou abusif dans le cas d'espèce, à l'exclusion des questions d'opportunité (art. 61 al. 1 et al. 2 LPA). La critique de la recourante liée à l'absence d'une pratique conforme à ses options territoriales pour la zone 5 relève d'une question générale d'ordre politique sur laquelle il n'appartient pas - sous réserve d'une violation du droit - à la chambre de céans de se prononcer. Quant aux arguments soulevés par la commune portant sur l'éventuelle force obligatoire du guide et de la fiche A04 du PDC 2030 à l'égard du département saisi d'une demande fondée sur l'art. 59 al. 4 let. a LCI, ils ne sont, en l'espèce et pour les raisons exposées ci-après, pas déterminants, étant précisé que, comme expliqué plus haut, les choix spatiaux de la commune - même dans l'hypothèse où ils seraient obligatoires pour le département - demeurent un intérêt parmi d'autres dont l'appréciation de la pertinence incombe au département dans le cadre de sa liberté d'appréciation lors de l'application de l'art. 59 al. 4 let. a LCI.

10) Dans le cas d'espèce, la vision territoriale dont se prévaut la commune n'a, comme l'a relevé à juste titre le TAPI, pas d'effet contraignant pour le département, faute d'avoir été approuvée par le Conseil d'État ce qu'aucune partie ne conteste. Aucune conclusion contraire ne peut être tirée du courrier du 28 décembre 2018 du conseiller d'État en charge du département. Dans la mesure où celui-ci a sollicité la commune sur les différentes versions du projet litigieux, il ne peut être reproché au département d'avoir ignoré la position de cette dernière. Le fait qu'il n'ait en l'espèce pas suivi l'avis de la commune ne signifie pas qu'il ne l'ait pas pris en compte lors de l'application de l'art. 59 al. 4 let. a LCI au projet litigieux.

Concrètement, la commune invoque, dans la présente affaire, des considérations liées à la préservation de la nature et du paysage, en lien avec la présence du Foron et d'un cordon boisé dans le secteur du projet envisagé, que ce soit lorsqu'elle fait référence à l'indice de verdure ou aux prescriptions en matière de stationnement résultant du guide édicté en juin 2017. Or, les instances spécialisées consultées dans ces domaines ne se sont pas opposées au projet litigieux. Au contraire, tant la DGAN que la DGT ont, après avoir demandé des modifications et sous réserve de conditions, donné un préavis favorable à l'octroi de l'autorisation querellée, tout comme les autres entités spécialisées consultées, notamment la CA. En outre, rien ne permet de conclure que le département s'est écarté des lignes directrices posées par le guide, étant précisé que celui-ci n'était pas édicté lors de l'instruction de la demande litigieuse par les instances spécialisées. L'absence du calcul de l'indice de verdure n'est donc in casu pas critiquable.

S'agissant de l'argument de la commune selon lequel le guide imposerait la construction d'un parking souterrain vu l'étendue des parcelles concernées qui serait supérieure à 1'500 m², il y a lieu de souligner que le guide prévoit, pour les parcelles de 1'500 à 3'000 m², de « favoriser le stationnement souterrain dès 12 à 15 places de parc et [de] regrouper les aires de circulation dans le cas des parkings en surface » (p. 38 du guide, rubrique D3 intitulée « Stationnement / mobilités »). Pour les parcelles supérieures à 3'000 m², le guide « préconis[e] » le stationnement souterrain et suggère d'évaluer les mutualisations possibles et de disposer l'offre en places visiteur de façon à réduire au maximum le trafic dans le quartier. En revanche, pour les parcelles inférieures à 1'500 m² - ce qui est le cas du projet litigieux -, le guide « préconis[e] » les stationnements de surface regroupés, proche des accès afin de minimiser les emprises carrossées (p. 38 du guide). Ainsi, contrairement à ce que semble avancer la recourante, il ne découle ni du guide, ni d'ailleurs du règlement relatif aux places de stationnement sur fonds privés du 16 décembre 2015 (ci-après : RPSFP - L 5 05.10), d'obligation de construire, dans le cas d'espèce, de parking souterrain, l'étendue des parcelles étant inférieure à 1'500 m². Quant à la préoccupation communale relative à la protection des rives du Foron et du cordon boisé, il y a lieu de rappeler que la DGAN a posé, dans ses préavis, des obligations concernant le respect d'un plan paysager et le replantage d'arbres. De plus, comme l'a relevé le TAPI et suivant le préavis positif de la DGeau rendu à la suite de la réduction de l'emprise du projet sur la partie inconstructible - demandée par cette instance dans son premier préavis -, le département pouvait, en vertu de l'art. 15 al. 7 LEaux-Ge, autoriser l'agrandissement mesuré ou la reconstruction de constructions existantes dûment autorisées qui pouvaient être utilisées conformément à leur destination mais qui n'étaient pas conformes à l'affectation de la zone, en raison du principe de la garantie de la situation acquise.

Dans ces circonstances, il y a lieu de constater que les préoccupations à l'origine du préavis négatif de la commune ont, en l'espèce, bien été prises en compte par le département, même s'il est arrivé à une autre conclusion que celle souhaitée par la commune. Le fait que le département ait accordé une prééminence aux préavis des instances spécialisées, en particulier ceux de la DGAN et de la DGT, par rapport à celui de la commune n'est nullement critiquable. En effet, les considérations invoquées par cette dernière entrent dans le champ de spécialisation de ces instances cantonales qui ont respectivement pour tâche de veiller aux intérêts publics liés à la préservation de la nature et du paysage et à la mobilité, sans que la commune n'invoque des spécificités locales qu'elle serait seule à préserver. Par ailleurs, la jurisprudence de la chambre de céans n'exige en principe pas que les préavis des instances spécialisées soient motivés (ATA/414/2017 du 11 avril 2017 consid. 7b, confirmé par l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_297/2017 du 6 décembre 2017). Vu que les considérations susmentionnées de la commune sont les raisons que celle-ci invoque pour justifier une densité faible dans le secteur concerné, il ne peut être reproché au département de ne pas les avoir retenues pour refuser l'autorisation litigieuse. À cela s'ajoute le fait - non contesté - que la parcelle n° 3'915 se trouve, au regard du PCom en cours de révision produit par la recourante et plus particulièrement de la carte de la densification en zone 5, en zone constructible située, en partie, dans la zone hachurée relative aux cordons boisés dont l'IUS envisagé est 0,4 et, en partie, dans la zone destinée à la densité modérée avec un IUS admis jusqu'à un taux de 0,48 pour un THPE dans le cadre « d'une stratégie de densification de qualité ».

Par conséquent, au vu de l'ensemble des motifs précités, c'est à juste titre que le TAPI a considéré que le département n'a ni abusé ni excédé son pouvoir d'appréciation en autorisant le projet litigieux en dépit du préavis négatif de la commune. Le recours sera donc rejeté, et le jugement querellé ainsi que l'autorisation litigieuse confirmés.

11) Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'500.- sera mis à la charge de la commune (art. 87 al. 1 LPA). Aucune indemnité de procédure ne sera allouée vu que Swiss-Etics SA n'est pas représentée par un avocat et qu'elle n'y conclut pas (art. 87 al. 2 LPA).

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PAR CES MOTIFS
LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE

à la forme :

déclare recevable le recours interjeté le 25 juin 2018 par la commune de Thônex contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 24 mai 2018 ;

au fond :

le rejette ;

met un émolument de CHF 1'500.- à la charge de la commune de Thônex ;

dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;

dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;

communique le présent arrêt à Me Nicolas Wisard, avocat de la commune de Thônex, au département du territoire, à Swiss-Etics SA, ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.

Siégeant : Mme Payot Zen-Ruffinen, présidente, M. Pagan et Mme Cuendet, juges.

Au nom de la chambre administrative :

Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.