- Cote Eglises A: registres de dépenses des pasteurs et des églises.
- Cote Eglises B: location de places dans les églises de la ville et de la campagne, 1713-1908.
- Cote Eglises C: paroisses de la campagne, soit Dardagny-Malval-Russin, Cartigny, Céligny, Satigny.
- Cote Eglises D: églises étrangères, en particulier pièces relatives aux églises du Pays de Gex, 1549-1746.
- Cote Eglises E: archives de l’Eglise de l’Oratoire, soit Eglise évangélique libre.
Voir aussi 12e section: Archives de l’Eglise nationale protestante et 2e section: Politique intérieure, affaires ecclésiastiques.