- Cote Académie A: registres des autorités académiques, rapports, correspondance reçue, comptabilité, registres d’immatriculations.
- Cote Académie B: listes d’étudiants, diplômes.
- Cote Académie C: Faculté des sciences.
- Cote Académie D: Faculté des lettres.
- Cote Académie E: Faculté de droit.
- Cote Académie F: Faculté des sciences et des lettres.
- Cote Académie G: Faculté de théologie.
- Cote Académie et Université K: Faculté de médecine (voir aussi Santé F).
- Cote Académie P: fondations académiques.
A compléter, pour l’Ancien Régime, à l’aide des registres déposés à la Bibliothèque de Genève, des archives de l’Eglise nationale protestante (12e section) et des registres du Conseil (1re section).
Les archives de l’Université sont conservées à l’Université de Genève.